home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Shareware Overload Trio 2 / Shareware Overload Trio Volume 2 (Chestnut CD-ROM).ISO / dir26 / med9409d.zip / M9490731.TXT < prev    next >
Text File  |  1994-09-24  |  2KB  |  34 lines
  1.        Document 0731
  2.  DOCN  M9490731
  3.  TI    A novel computational tool for automated structure-based drug design.
  4.  DT    9411
  5.  AU    Bohm HJ; BASF AG, Central Research, Ludwigshafen, Germany.
  6.  SO    J Mol Recognit. 1993 Sep;6(3):131-7. Unique Identifier : AIDSLINE
  7.        MED/94338754
  8.  AB    The computer program LUDI for automated structure-based drug design is
  9.        described. The program constructs possible new ligands for a given
  10.        protein of known three-dimensional structure. This novel approach is
  11.        based upon rules about energetically favourable non-bonded contact
  12.        geometries between functional groups of the protein and the ligand which
  13.        are derived from a statistical analysis of crystal packings of organic
  14.        molecules. In a first step small fragments are docked into the protein
  15.        binding site in such a way that hydrogen bonds and ionic interactions
  16.        can be formed with the protein and hydrophobic pockets are filled with
  17.        lipophilic groups of the ligand. The program can then append further
  18.        fragments onto a previously positioned fragment or onto an already
  19.        existing ligand (e.g., a lead structure that one seeks to improve). It
  20.        is also possible to link several fragments together by bridge fragments
  21.        to form a complete molecule. All putative ligands retrieved or
  22.        constructed by LUDI are scored. We use a simple scoring function that
  23.        was fitted to experimentally determined binding constants of
  24.        protein-ligand complexes. LUDI is a very fast program with typical
  25.        execution times of 1-5 min on a work station and is therefore suitable
  26.        for interactive usage.
  27.  DE    Animal  Binding Sites  *Drug Design  Evaluation Studies  Human  HIV
  28.        Protease Inhibitors/CHEMISTRY  In Vitro  Ligands  Protein Binding
  29.        *Software  Trypsin/METABOLISM  JOURNAL ARTICLE
  30.  
  31.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  32.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  33.  
  34.